Zbiory Sekcji Rękopisów liczą obecnie (stan na koniec 2021 r.) 36 301 jednostek rękopiśmiennych, w tym ok. 2000 kodeksów średniowiecznych i systematycznie się powiększają.

Osobny zbiór stanowi kolekcja dyplomów pergaminowych (ok. 700 jednostek).

Co najmniej trzy przechowywane obecnie kodeksy (813, 2032, 5278) były używane jeszcze na Uniwersytecie Kazimierzowskim założonym w 1364 r. Po odnowieniu Uniwersytetu w 1400 r. zaczęły wpływać księgozbiory profesorskie i studenckie, przechowywane przy kolegiach i bursach, tworząc w ten sposób zaczątek Biblioteki Uniwersytetu.

W czasie reformy kołłątajowskiej (1777–1778) połączono w jedną bibliotekę księgozbiory kolegiów i burs oraz przeniesiono z Senatu do Biblioteki księgi własne Uniwersytetu (metryki, księgi rachunkowe); stąd najstarsza część Archiwum UJ znajduje się w zbiorach rękopiśmiennych BJ.

• W XIX w. wpływały dary, m.in.: iluminowany Kodeks Baltazara Behema z początku XVI w. zawierający przywileje i statuty miasta Krakowa i ustawy cechów krakowskich, przekazany Bibliotece przez Senat Rządzący Wolnego Miasta Krakowa w 1825 r. czy rękopisy starocerkiewnosłowiańskie z XV–XVI w., przekazane przez kolekcjonera książek i numizmatów Rudolfa Gutowskiego w 1863 r. Zbiór rękopisów znacznie wzrósł w czasie dyrektury Karola Estreichera (1868–1904), biblioteka pozyskała wówczas m.in. spuścizny: Joachima Lelewela (1882), Józefa Ignacego Kraszewskiego (1888) i Żegoty Paulego (1896) oraz kolekcję autografów Władysława Górskiego (l902).
• W okresie międzywojennym zasób rękopiśmienny powiększał się wolno, ale systematycznie. Z większych wpływów trzeba wymienić spuścizny: Józefa Bohdana Zaleskiego, Klemensa Bąkowskiego oraz Michała Bobrzyńskiego. W 1934 r. powróciły wypożyczone niegdyś Acta Tomiciana.
• Zbiory rękopisów BJ szczęśliwie przetrwały czasy okupacji hitlerowskiej. W 1946 r. powrócił do Krakowa Kodeks Behema. Do zbiorów Biblioteki wpłynęły rękopisy z tzw. zbiorów zabezpieczonych: z bibliotek w Gumniskach, Krzeszowicach a także fragment zbioru rękopisów z byłej Pruskiej Biblioteki Państwowej w Berlinie (przechowywany jako osobny zbiór o statusie depozytu Rządu RP). Po kasacie zakonu augustianów przekazano część rękopisów z tego klasztoru. Zabezpieczono też po kilka rękopisów ze Zgorzelca i Szczecina.
• Po wojnie także do Biblioteki trafiły dwa bardzo cenne rękopisy: autograf De revolutionibus libri sex Mikołaja Kopernika oraz Banderia Prutenorum Jana Długosza. Drogą darów i kupna zbiory powiększyły się o archiwa rodzinne, m.in. Archiwum Ledóchowskich (1969), Archiwum Pusłowskich (1999) czy Archiwum domowe Pawlikowskich (2000) oraz o liczne spuścizny literatów i uczonych.
• Przy Sekcji Rękopisów znajduje się także Archiwum Biblioteki Jagiellońskiej zawierające księgi i akta biblioteczne (XIX–XXI w.); wcześniejsze materiały zostały włączone do zbiorów rękopiśmiennych Oddziału, materiały z Archiwum BJ zostały także częściowo przekazane Archiwum UJ.

* Wg tekstu: M. Kowalczyk, Biblioteka Jagiellońska [w:] Zbiory rękopisów w bibliotekach i muzeach w Polsce. Oprac. Danuta Kamolowa przy współpracy Teresy Sieniatyckiej. Wyd. 2, Warszawa 2003, s. 101–121.

Dostępność cyfrowa

Zbiory podlegają ustawicznemu procesowi cyfryzacji, a efekty wykonywanej pracy prezentowane są w Jagiellońskiej Bibliotece Cyfrowej. 
Link do dostępnej cyfrowo w JBC kolekcji rękopisów.