Ważniejsze z opublikowanych katalogów zbiorów Biblioteki.
Katalogi te dostępne są w wielu bibliotekach polskich i zagranicznych, niektóre także w wersji cyfrowej.
Katalogi drukowane rękopisów
Władysław Wisłocki: Katalog rękopisów Biblijoteki Uniwersytetu Jagiellońskiego. Cz. l-II. Kraków 1877-1881. Dostępne w Jagiellońskiej Bibliotece Cyfrowej.
Catalogus codicum manuscriptorum medii aevi Latinorum, qui in Bibliotheca Jagellonica Cracoviae asservantur
Inwentarz rękopisów Biblioteki Jagiellońskiej, Kraków 1938-2012. Dostępne w Jagiellońskiej Bibliotece Cyfrowej.
Nr 4175-6000 [Cz. 1], oprac. Władysław Wisłocki, Kraków 1938 (maszynopis powielany);
Nr 4175-6000 [Cz. 2], oprac. Władysław Wisłocki, Kraków 1938 (maszynopis powielany);
Nr 4175-6000 Indeks, oprac. Władysław Wisłocki, Kraków 1938 (maszynopis powielany);
Nr 6001-7000 Cz. 1: nr 6001-6500, oprac. A. Jałbrzykowska, Z. Łagodowa, J. Tyszkowska, J. Zathey, red. I. Zarębski, Kraków 1962;
Nr 6001-7000 Cz. 2: nr 6501-7000, oprac. A. Jałbrzykowska, Z. Łagodowa, J. Tyszkowska, J. Zathey, red. I. Zarębski, Kraków 1963;
Nr 6001-7000Indeks, oprac. A. Jałbrzykowska, Z. Łagodowa, J. Tyszkowska, Kraków 1963;
Nr 7001-8000 Cz. 1: nr 7001-7500, oprac. A. Jałbrzykowska, J. Zathey, Kraków 1966;
Nr 7001-8000 Cz. 2: nr 7501-7800, oprac. A. Jałbrzykowska, Z. Łagodowa, J. Zathey, red. I. Zarębski, Kraków 1966;
Nr 7001-8000 Cz. 3: nr 7801-8000, oprac. A. Jałbrzykowska, J. Tyszkowska, J. Zathey, red. I. Zarębski, Kraków 1967;
Nr 7001-8000 Indeks, oprac. A. Jałbrzykowska, J. Tyszkowska, red. I. Zarębski, Kraków 1968;
Nr 8001-9000 Cz. 1: nr 8001-8500, oprac. W. Bandura, A. Jałbrzykowska, red. J. Zathey, Kraków 1971;
Nr 8001-9000 Cz. 2: nr 8501-9000, oprac. A. Jałbrzykowska, red. J. Zathey, Kraków 1972;
Nr 8001-9000 Indeks, oprac. W. Bandura, J. Grzybowska, A. Kotula, red. J. Zathey, Kraków 1974;
Nr 9001-10000 Cz. 1: nr 9001-9500, oprac. J. Grzybowska, red. J. Zathey, Kraków 1977;
Nr 9001-10000 Cz. 2: nr 9501-9800, oprac. J. Grzybowska, E. Malicka, red. J. Zathey, Kraków 1982;
Nr 9001-10000 Cz. 3: nr 9801-10000, oprac. J. Grzybowska, red. M. Zwiercan, Kraków 1986;
Nr 9001-10000Indeks, Kraków 1987;
Nr 10001-11000, Cz. 1: nr 10001-10500, oprac. Z. Koziński, E. Malicka, Z. Pietrzyk, Kraków 1997;
Nr 10001-11000, Cz. 2: nr 10501-11000, oprac. J. Grzybowska, Z. Koziński, E. Malicka, Z. Pietrzyk, Kraków 2002;
Nr 10001-11000. Indeks ; Kraków 2012;
Nr 11001-11434, Archiwum domowe Pawlikowskich Cz. 1: oprac. I. Bator, J. Grzybowska, M. Jaglarz, U.Klatka, pod red. E. Malickiej Kraków 2008;
Nr 11435-11862, Archiwum domowe Pawlikowskich Cz. 2: oprac. I. Bator, G. Fulara, M. Jaglarz, J. Jaśkowiec, U. Klatka, E. Malicka, pod red. M. Jaglarz i E. Malickiej Kraków 2012;
Nr 11863-12385, Archiwum domowe Pawlikowskich Cz. 3: oprac. J. Baster, G. Fulara, I. Hojda, M. Jaglarz, U. Klatka, E. Malicka, pod red. M. Jaglarz i E. Malickiej, Kraków 2016.
Katalogi drukowane starych druków
Inkunabuły
W. Wisłocki, Incunabula typographica Bibliothecae Jagellonicae Cracoviensis inde ab inventa arte imprimendi ad A. 1500 secundum Haini "Repertorium bibliographicum" una cum conspectu virorum, qui libros olim habuerant, benefactorum Bibliothecae ligatorum Cracoviensium per ordinem alphabeti, Cracoviae 1900.
K. Piekarski, Inkunabuły Biblioteki Jagiellońskiej. Inwentarz przybytków z lat 1900-1927, nr 1-75, "Przegląd Biblioteczny", R. 3 (1930), z. 1 i odbitka: Kraków 1930.
K. Piekarski, Inkunabuły Biblioteki Jagiellońskiej. Inwentarz przybytków z lat 1900-1935, nr 76-187, "Przegląd Biblioteczny", R. 10 (1936), z. 2 i odbitka: Kraków 1936.
A. Lewicka-Kamińska, Inkunabuły Biblioteki Jagiellońskiej. – Incunabula Bibliothecae Jagellonicae Cracoviensis. Opracowała Anna Lewicka-Kamińska przy współudziale Heleny Friedberg, Marii Kowalczyk, Ludwiki Tabeau, Kraków 1962.
A. Lewicka-Kamińska, Inkunabuły Biblioteki Jagiellońskiej. Katalog przybytków za lata 1962-1967. – Incunabula Bibliothecae Jagellonicae Cracoviensis. Catalogus accessionum ab A. MDCCCCLXII ad A. MDCCCCLXVII, "Biuletyn Biblioteki Jagiellońskiej", R. 18 (1968), z. 2, s. 5-57 i odb.
Druki z XVI wieku
Katalog poloników XVI wieku Biblioteki Jagiellońskiej. – Catalogus librorum polonicorum saeculi XVI qui in Bibliotheca Iagellonica asservantur. Pod red. Mariana Malickiego i Ewy Zwinogrodzkiej opracowali: Małgorzata Gołuszka, Marian Malicki, Wanda Ptak-Korbel, Zofia Wawrykiewicz, Ewa Zwinogrodzka, T. I: A-Ł, Kraków 1991; T. II: M-Ż, Kraków 1994; T. III: Indeksy, Kraków 1995.
Catalogus librorum saeculi XVI qui in Bibliotheca Iagellonica Cracoviensis asservantur : BJ 16. – Katalog druków XVI wieku ze zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej w Krakowie : BJ 16. Curavit Marianus Malicki, confecerunt Margarita Gołuszka, Marianus Malicki, Romana Piech, Wanda Ptak-Korbel, Eva Szczawińska, Sophia Wawrykiewicz, Eva Zwinogrodzka, Baden-Baden : Verlag Valentin Koerner, 2002-2005.
T. I: A - Biblia (2002); T. II: Bibliander – Cz (2002); T. III: D – Glogoviensis (2003);
T. IV: Gnaphaeus - Lily (2003); T. V: Linacre – Patrizi (2004); T. VI: Pauli – Sidonius (2004); T. VII: Sieben – Ż (2005); T. VIII: Indeksy (w druku).
A. Obrębski, Volsciana. Katalog renesansowego księgozbioru Piotra Dunin-Wolskiego, biskupa płockiego, Kraków 1999.
Druki XV-XVIII wieku
J. Reiss, Książki o muzyce od XV do XVII wieku w Bibliotece Jagiellońskiej. [Cz. 1], "Exlibris. Czasopismo poświęcone książce", R. VI (1924), s. 85-118; Cz. 2: Kraków 1934; Cz. 3: Od wieku XVI do wieku XVIII, Kraków 1938.
Bernstein Ignacy, Katalog dzieł treści przysłowiowej, składających bibliotekę Ignacego Bernsteina (t.1-2, Warszawa 1900 oraz reprint Hildesheim 2003). Zawiera również książki i czasopisma z XIX wieku. Dostęp online: tom 1 oraz tom 2
Inne
J. Muczkowski, Zbiór odcisków drzeworytów w różnych dziełach polskich w XVI i XVII wieku odbitych, a teraz w Bibliotece Uniwersytetu Jagiellońskiego zachowanych. – Recueil de gravures sur bois imprimé dans divers ouvrages polonais au seizième et au dix-septième siècle, dont les planches sont conservées à la Bibliothèque de l'Université de Jagellon, Kraków 1849. [Reprint: Kraków 1985]. Dostęp online: POLONA
A. Lewicka-Kamińska, Nieznane ekslibrisy polskie XVI wieku w Bibliotece Jagiellońskiej, Kraków 1974.
Drugi obieg
Katalog druków zwartych drugiego obiegu wydawniczego 1976-1990 ze zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej (Kraków 2001).
Inne
Katalog czasopism polskich Biblioteki Jagiellońskiej (t. 1-9, Kraków 1974-1986).
Bernstein Ignacy, Katalog dzieł treści przysłowiowej, składających bibliotekę Ignacego Bernsteina (t.1-2, Warszawa 1900 oraz reprint Hildesheim 2003). Zawiera stare druki oraz książki i czasopisma z XIX wieku. Dostęp online: tom 1 oraz tom 2