Kolekcja Zbiorów Rzadkich została utworzona jako samodzielny zbiór w 2000 roku z wybranych materiałów magazynowych. Wcześniej była częścią Starych Druków.
Zakres chronologiczny:
Druki od 1801 do lat bieżących, ze szczególnym uwzględnieniem druków z lat 1830–1831,1846–1848,1861–1864,1914–1920,1939–1948.
Do Zbiorów Rzadkich należą:
- druki bibliofilskie i unikatowe (często nie notowane przez Bibliografię Estreichera)
- pierwsze wydania dzieł autorów polskich
- wydawnictwa szczególnie cenne ze względu na oprawę lub sposób wydania (druki na materiale, pergaminie, kamieniu itp.)
- druki ulotne t.j. dokumenty życia społecznego wydane przed 1945 r.
- wydawnictwa emigracyjne XIX i XX w. i szczególnie cenne druki w języku polskim ukazujące się za granicami kraju, w tym emigracyjna prasa polonijna
- czasopisma i wydawnictwa z okresu I i II wojny światowej, wiele tytułów znajduje się wyłącznie w BJ
- kolekcja Liberatury – dar Katarzyny Bazarnik i Zenona Fajfera w którym oprócz liberatury znajduje się też literatura dotycząca tego zagadnienia oraz druki ulotne z festiwali, wystaw
Najciekawsze obiekty:
- Adam Mickiewicz, "Pan Tadeusz", 1. wydanie, Paryż, 1834.
Sonety, Moskwa 1824 - J.Słowacki, Poezje T.1–3, Paryż 1833
- Stanisław Wyspiański, "Wesele", Kraków, 1901 (egzemplarz ozdobiony kolorowanymi ilustracjami Kazimierza Sichulskiego)
- Druki ulotne z okresu Powstania Listopadowego, Styczniowego i dotyczące Legionów Polskich.
- Czasopisma literacko artystyczne z lat 1900-1939: Chimera, Żagary, Po Prostu, Czarno na białym
- Jednodniówki, czyli pisma okazjonalne, wydawane w bardzo małym nakładzie, do roku 1948.