Zbiory muzyczne zaczęto gromadzić w Bibliotece Jagiellońskiej już w piętnastym wieku. Odrębny dział nut, zapoczątkowany darem Leona Rogalskiego z Warszawy, powstał dopiero w 1869 roku. Od tego czasu dział gromadzi głównie rękopisy i druki muzyczne dziewiętnastowieczne i późniejsze, jednak wśród nowych nabytków znajdują się również muzykalia pochodzące z wcześniejszych stuleci. Oddział Zbiorów Muzycznych od 1958 roku był osobną jednostką organizacyjną, przekształconą w 2013 roku w Sekcję Zbiorów Muzycznych, wchodzącą w skład Oddziału Zbiorów Specjalnych. Stary zasób rękopisów i druków muzycznych Biblioteki nie został jak dotąd scalony. Muzykalia pozostają nadal w kilku agendach Biblioteki - Sekcji Rękopisów, Sekcji Starych Druków i Sekcji Zbiorów Muzycznych oraz w Magazynie Ogólnym. Zbiory muzyczne obejmują:

Druki muzyczne

W zbiorze druków muzycznych dominują wydawnictwa dziewiętnasto- i dwudziestowieczne. Sekcja Zbiorów Muzycznych przechowuje liczne unikatowe egzemplarze polskiego edytorstwa muzycznego, zwłaszcza z jego wczesnego okresu - pierwszej połowy dziewiętnastego wieku. Na szczególną uwagę zasługują pierwodruki dzieł kompozytorów polskich, m. in. Fryderyka Chopina i Stanisława Moniuszki. Druki sprzed roku 1800 przechowywane w większości w Oddziale Starych Druków. Cześć druków, głównie zgromadzonych do lat trzydziestych XX wieku, znajduje w Magazynie Ogólnym.

Rękopisy muzyczne

Kolekcja rękopisów obejmuje głównie dokumenty powstałe po 1800 roku. Znajdują się wśród nich m. in. spuścizny polskich kompozytorów dziewiętnasto- (np. Józefa Brzowskiego, Józefa Krogulskiego, Antoniego Stolpe) i dwudziestowiecznych (np. Włodzimierza Poźniaka, Konrada Koniora, Bolesława Wallek-Walewskiego). Szczególnie cenne są autografy wybitnych polskich kompozytorów i kompozytorek - Marii Szymanowskiej, Fryderyka Chopina, Stanisława Moniuszki, Karola Szymanowskiego, Witolda Lutosławskiego i in.

Muzyczne dokumenty audiowizualne

W Sekcji Zbiorów Muzycznych gromadzone są także muzyczne nagrania audiowizualne. Są to: płyty analogowe, płyty kompaktowe, kasety magnetofonowe, kasety VHS, płyty DVD.

Dokumenty życia muzycznego

Obejmują one dokumenty życia społecznego związane z działalnością muzyczną: afisze, plakaty, programy koncertowe, katalogi wydawców muzycznych, katalogi wystaw, informatory i in.

Wydzielone kolekcje:

• Zbiory Biblioteki Towarzystwa Muzycznego w Krakowie, założonego w 1876 roku. Przekazane do Biblioteki Jagiellońskiej w 1940 roku
• Zbiory Biblioteki Uczniów Konserwatorium Krakowskiego, przeniesione do Biblioteki Jagiellońskiej w 1940 roku

Dostępność cyfrowa

Zbiory podlegają ustawicznemu procesowi cyfryzacji, a efekty wykonywanej pracy prezentowane są w Jagiellońskiej Bibliotece Cyfrowej. 
Link do dostępnej cyfrowo kolekcji muzykaliów.