Wydawana przez Bibliotekę Jagiellońską od roku 1994 seria "Bibliotheca Iagellonica. Fontes et Studia" przeznaczona jest dla wydań tekstów źródłowych, których podstawą są zbiory Biblioteki Jagiellońskiej, a także dla publikowania prac naukowych (rozpraw doktorskich, monografii, prac analitycznych, katalogów) przygotowanych przez pracowników Biblioteki.
ISSN 1425-851X
Dotychczas ukazały się następujące tomy:
Tom 45: Zofia Jachimecka (1886-1973). Życie i twórczość / Porębska Maria. – Kraków, 2022. – 386 s.
Tom 36: Księgi gruntowe wsi Wysoka k. Łańcuta 1632–1791, 1789–1873 / oprac. i wydał Andrzej Techmański. – Kraków, 2020. – 450 s.
Tom 34: Nowa teoria listu / Anita Całek. – Kraków, 2019. – 450 s.
Tom 32: Kronika szkolna w Myślachowicach począwszy od dnia 17 lipca 1874 roku / wstęp i oprac. Przemysław Marcin Żukowski. – Kraków, 2018. – 57 s.
Tom 31: Księga sądowa wsi Wysoka k. Łańcuta 1665-1792 / wstęp i oprac. Andrzej Techmański. – Kraków, 2017. – 231 s.
Tom 29: Speculum Saxonum, albo Prawo saskie i majdeburskie, porządkiem obiecadła z łacińskich i niemieckich egzemplarzów zebrane a na polski język z pilnością i wiernie przełożone. Cz. 1, Cz. 2 / [tł.] Paweł Szczerbic ; wydał Grzegorz M. Kowalski. – Kraków, 2016. – 615 s.
Tom 28: When legends come alive : a reading of Lucan's Pharsalia / Joanna Pypłacz. – Kraków, 2015. – 258 s.
Tom 27: Straszny czwartek w domu pastora ; Dalsze losy pastora Hubiny / Karol Ludwik Koniński ; wstęp i oprac. Justyna Rybka. – Kraków, cop. 2015. – 117 s.
Tom 25: Środowisko Biblioteki Jagiellońskiej 1775-1939 : słownik biograficzny / Jan W. Brzeski. – Kraków, 2014. – 343 s.
Tom 24: Kronika Biblioteki Uniwersytetu Jagiellońskiego od 1811 roku / Karol Estreicher; oprac. i wstęp Jan Brzeski. – Kraków, 2012. – 261 s.
Tom 23: Wrażenia i wspomnienia młodej teatromanki / Elzbieta Kietlińska; wstęp i oprac. Jan Michalik. – Kraków, 2012. – 374 s.
Tom 19: The aesthetics of Senecan tragedy / Joanna Pypłacz. – Kraków, 2010. – 123 s.
Tom 18: Księgozbiór prywatny Jacka Idziego Przybylskiego, w zbiorach Biblioteki Jagiellońskiej w Krakowie / oprac. Małgorzata Mirek. – Kraków, 2010. – 263 s.
Tom 17: Repertuar wydawniczy drukarni Franciszka Cezarego starszego 1616-1651. Cz. 1, Bibliografia druków Franciszka Cezarego starszego 1616-1651 / Marian Malicki. – Kraków, 2010. – 800 s.
Tom 16: Księga egzaminów do święceń w diecezji gnieźnieńskiej z lat 1563-1603 / wstęp i oprac. Zdzisław Pietrzyk. – Kraków, 2009. – 315 s.
Tom 15: "Dziennik" : listopad 1914 – marzec 1915 / Rudolf Starzewski ; oprac. Joanna Jaśkowiec. – Kraków, 2007. – 168 s.
Tom 14: Katalog rozpraw doktorskich Uniwersytetu Jagiellońskiego 1986-2003 / oprac. Iwona Bator, Zbigniew Koziński. – Kraków, 2005. – 208 s.
Tom 13: Polonica w średniowiecznych rękopisach łacińskich Herzog August Bibliothek w Wolfenbüttel / oprac. Ryszard Tatarzyński. – Kraków, 2004. – 221 s.
Tom 12: Katalog druków zwartych drugiego obiegu wydawniczego 1976-1990 ze zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej / wstęp i oprac. Jan Brzeski, Adam Roliński. – Kraków, 2001. – 469 s.
Tom 11: Z Piaseczna w świat : diariusz Zygmunta Opackiego z lat 1606-1651 / wstęp i oprac. Zdzisław Pietrzyk. – Kraków, 2001. – 97 s.
Tom 10: Archiwum Adama Bienia : akta narodowościowe (1942-1944) / oprac., wstęp i przypisy Jan Brzeski, Adam Roliński. – Kraków, 2001. – 606 s.
Tom 9: Volsciana : katalog renesansowego księgozbioru Piotra Dunin-Wolskiego, biskupa płockiego = Volsciana : catalogo de la biblioteca renacentista de Piotr Dunin-Wolski, obispode Płock / oprac. Andrzej Obrębski. – Kraków, 1999. – 456 s.
Tom 8: Poezje / Adam Jacek Pisarzowski ; wstępem opatrzyli i wydali Janusz S. Gruchała i Wacław Urban. – Kraków, 1998. – 80 s.
Tom 7: W kręgu Strasburga : z peregrynacji młodzieży z Rzeczypospolitej polsko-litewskiej w latach 1538-1621 / Zdzisław Pietrzyk. – Kraków, 1997. – 302 s.
Tom 6: Berlińskie listy Karola Forstera z lat 1857-1879 / wydał i wstępem opatrzył Roman Jaskuła. – Kraków, 1997. – 295 s.
Tom 5: Catalogus codicum manu s. Ioannis Cantii scriptorum qui in Bibliotheca Apostolica Vaticana asservantur = Katalog watykańskich rękopisów św. Jana Kantego/ Romanus Maria Zawadzki. – Cracoviae, 1997. – 119 s.
Tom 4: "Zawsze byłem Żydem dla Polaków i Polakiem dla Żydów" : listy Marka Wajsbluma do Stanisława Kota z lat 1927-1961 / [Marek Wajsblum] ; oprac. i wstępem opatrzyli Zdzisław Pietrzyk i Zbigniew Koziński. – Kraków, 1996. – 126 s.
Tom 3: Świat ministrów Augusta II : wartości i poglądy funkcjonujące w kręgu ministrów Rzeczypospolitej w latach 1702-1728 / Andrzej Leon Sowa. – Kraków, 1995. – 195 s.
Tom 2: Z zagadnień tekstologicznych "Summariusza wierszów" Hieronima Morsztyna / Marian Malicki. – Kraków, 1994. – 296 s.
Tom 1: Pamiętnik : 1914-1918 / Aleksander Lednicki ; wstęp i oprac. Zbigniew Koziński. – Kraków, 1994. – 139 s.