Książki zamówione z Magazynu Ogólnego czekają 5 dni roboczych od momentu otrzymania e-maila. Książki, które były rezerwowane czekają 5 dni roboczych, od momentu zwrócenia przez innego czytelnika. Czytelnik otrzymuje e-mail, że dana książka jest już dostępna do odbioru. 

• Liczba książek wypożyczonych równocześnie przez jednego czytelnika nie może przekroczyć 5 dzieł. 
• Prawo do większej ilości wypożyczeń posiadają: 
  • nauczyciele akademiccy i doktoranci UJ - do 30 dzieł 
  • pozostali pracownicy UJ - do 15 dzieł 
  • studenci UJ studiujący na jednym kierunku - do 10 dzieł 
  • studenci UJ studiujący na dwóch lub większej liczbie kierunków oraz studenci kierunków międzywydziałowych UJ – do 15 dzieł 
  • nauczyciele akademiccy i doktoranci innych uczelni Krakowa, pracownicy naukowi innych instytucji naukowych i kulturalnych - do 10 dzieł 
  • biblioteki jednostek organizacyjnych UJ oraz biblioteki szkół wyższych Krakowa - do 20 dzieł 
  • instytucje naukowe, kulturalne i oświatowe Krakowa - do 10 dzieł 
• W uzasadnionych wypadkach kierownik Oddziału Udostępniania Zbiorów i Informacji Naukowej udziela zezwolenia na większą liczbę wypożyczeń.

Poza Bibliotekę nie wypożycza się:  

1. zbiorów specjalnych, dzieł rzadkich i kosztownych,  
2. egzemplarzy archiwalnych i archiwizowanych,  
3. dzieł znajdujących się w księgozbiorach podręcznych,  
4. druków ulotnych,  
5. gazet i innych czasopism,  
6. dzieł wydanych w Polsce do roku 1968 włącznie (w przypadku nauczycieli akademickich i pracowników naukowych  – dzieł wydanych do 1950 roku),  
7. dzieł obcych wydanych do roku 1920,  
8. wydawnictw encyklopedycznych, słowników, bibliograficznych i innych wydawnictw informacyjnych, przewodników turystycznych,  
9. druków wydanych za granicą w języku polskim lub polskich autorów, 
10. wydawnictw albumowych, miniaturowych oraz z luźnymi tablicami, tabelami, mapami itp., 
11. materiałów audiowizualnych i na nośnikach elektronicznych, 
12. dzieł uszkodzonych, wymagających konserwacji.

Wymienione w punktach 1-12 ograniczenia nie dotyczą księgozbioru Wypożyczalni – sygnatury rozpoczynające się od "BJ W".
Biblioteki jednostek organizacyjnych Uniwersytetu Jagiellońskiego mają prawo wypożyczania czasopism naukowych i fachowych.
W uzasadnionych przypadkach, za zgodą dyrektora Biblioteki dopuszcza się wypożyczanie na ustalony czas wyżej wymienionych materiałów bibliotecznych (z wyjątkiem obiektów wyszczególnionych w punktach 1 i 2).

1. Dzieła wypożycza się czytelnikom na okres jednego miesiąca.
2. Nauczyciele akademiccy, pracownicy naukowi, doktoranci, bibliotekarze sieci bibliotek UJ oraz pracownicy Archiwum UJ i Muzeum UJ mają prawo wypożyczania dzieł na okres trzech miesięcy.
3. Biblioteki jednostek organizacyjnych UJ mają prawo wypożyczać czasopisma na okres do jednego roku, pozostałe druki na okres do trzech miesięcy.
4. Biblioteki szkół wyższych Krakowa mają prawo wypożyczać na okres trzech miesięcy.
5. Instytucje naukowe, kulturalne i oświatowe Krakowa mają prawo wypożyczać dzieła na okres do jednego miesiąca.

Przedłużenie terminu zwrotu jest możliwe tylko w sytuacji, gdy okres prolongaty nie przekracza okresu ważności konta. Książka w momencie prolongaty nie może być zarezerwowana przez innego czytelnika oraz termin jej zwrotu nie może być przekroczony. Książki prolongować można samodzielnie, po zalogowaniu się na koncie czytelnika. Prolongaty dzieł nieujętych w Katalogu Bibliotek UJ należy dokonywać osobiście w Wypożyczalni. Nie ma limitu prolongat. 

1. Przetrzymanie wypożyczonego dzieła skutkuje zablokowaniem konta czytelnika, tzn. niemożnością zamówienia i rezerwacji kolejnych dzieł. 5 dni przed terminem zwrotu książki czytelnik otrzymuje e-mail przypominający o zbliżającym się terminie zwrotu. Przypomnienie to ma wyłącznie charakter informacyjny, nieotrzymanie lub nieprzeczytanie e-maila nie zwalnia z opłat za nieterminowy zwrot wypożyczonych dzieł. W razie przekroczenia tego terminu wysyłane jest upomnienie. Przy braku reakcji ze strony czytelnika Biblioteka ma prawo wystąpienia na drogę postępowania sądowego o zwrot dzieła lub zapłatę jego wartości ustalonej zgodnie z zarządzeniem dyrektora Biblioteki.
2. Upomnienie może być wysłane pocztą, jak również za pośrednictwem poczty elektronicznej.
3. Biblioteka pobiera od czytelników opłatę za opóźnienie zwrotu wypożyczonego dzieła, niezależnie od wysłanego pisemnego upomnienia. Wysokość opłat reguluje odrębne zarządzenie dyrektora.
4. Opłaty za opóźnienie zwrotu wypożyczonego dzieła obowiązują również pracowników oraz jednostki organizacyjne UJ, biblioteki uczelni Krakowa oraz instytucje naukowe, kul­turalne i oświatowe Krakowa.
5. Rażące naruszenie regulaminu, w tym również zwracanie zniszczonych książek bądź niezwrócenie książek mimo wysyłania wielokrotnych upomnień, stanowi podstawę pozbawienia czytelnika prawa do korzystania z Biblioteki na okres od 1 do 12 miesięcy.

Z dniem 1.10.2019 została ustalona opłata za nieterminowy zwrot wypożyczonego dzieła w wysokości 0,30 gr od jednego woluminu za każdy rozpoczęty dzień kalendarzowy. Jeżeli książka zostanie zwrócona w czasie 10 pierwszych dni po terminie zwrotu, opłata nie jest pobierana (brane pod uwagę są dni kalendarzowe, również dni zamknięcia biblioteki).