Zbiory Biblioteki Jagiellońskiej:

• wszystkie polskie wydawnictwa książkowe wydane po 1989 r.
• zagraniczne – wydane po 1993 r.
• wydawnictwa wcześniejsze oraz czasopisma – w wyborze
• stare druki - w wyborze (pozostałe stare druki - zamawianie tradycyjne - Katalog druków do 1949 r., tzw. Katalog Stary - dostępny online)
• dokumenty ikonograficzne - w wyborze (zamawianie tradycyjne - katalog kartkowy dostępny w Gabinecie Zbiorów Graficznych i Kartograficznych)
• dokumenty kartograficzne - w wyborze (zamawianie tradycyjne - katalog kartkowy dostępny w Gabinecie Zbiorów Graficznych i Kartograficznych)
• druki muzyczne – te, które wpłynęły do BJ po 2003 r.
• dokumenty życia społecznego – w wyborze po 1945 r.
• normy – wydane po 2009 r.
• niemuzyczne nagrania dźwiękowe – wydane po 2003 r.
• dokumenty elektroniczne – wydane po 1998 r.
• filmy – wydane po 2003 r.

UWAGA: Katalog Bibliotek UJ jest jedynym źródłem informacji o drukach zwartych, które wpłynęły do BJ po roku 2007, niezależnie od daty ich wydania.

Zbiory sieci bibliotek Collegium Medicum:

• wszystkie wydawnictwa książkowe wydane po 1998 r. znajdujące się w Bibliotece Medycznej UJ CM (wcześniejsze wydania w wyborze)
• wszystkie książki z bieżącego wpływu (po 2004 r.) dostępne w Bibliotece Medycznej UJ CM oraz w bibliotekach wydziałów, instytutów, katedr i zakładów
• referencyjny zasób literatury znajdujący się w Czytelni Biblioteki Medycznej UJ CM
• całość księgozbioru dydaktycznego (wieloegzemplarzowe skrypty i podręczniki)
• prace doktorskie i habilitacyjne obronione w UJ CM
• kolekcje medycznych druków XIX w. oraz wydanych w latach 1901-1945 znajdujących się w zbiorach Biblioteki Medycznej UJ CM
• kolekcje czasopism polskich i zagranicznych (w wyborze)
• kolekcje dokumentów elektronicznych (w wyborze)
• książki elektroniczne polskie i zagraniczne, posadowione na platformach, dostępne w sieci uczelnianej UJ CM

Zbiory bibliotek wydziałowych i instytutowych UJ:

• wszystkie nabytki, które wpłynęły do danej biblioteki od roku kiedy biblioteka przystąpiła do współpracy
• wydawnictwa wcześniejsze katalogowane w zależności od potrzeb i możliwości.

Katalog Bibliotek UJ jest współtworzony przez Bibliotekę Jagiellońską, Bibliotekę Medyczną Collegium Medicum oraz biblioteki wydziałowe, instytutowe i innych jednostek UJ.

Biblioteki wydziałowe:

• Biblioteka Wydziałowa Wydziału Zarządzania i Komunikacji Społecznej
• Biblioteka Wydziału Filologicznego
• Biblioteka Wydziału Fizyki , Astronomii i Informatyki Stosowanej
• Biblioteka Wydziału Matematyki i Informatyki
• Biblioteka Wydziału Polonistyki
• Biblioteka Wydziału Studiów Międzynarodowych i Politycznych
• Wydziałowa Biblioteka Chemii
• Wydziałowa Biblioteka Prawnicza

Biblioteki instytutowe:

• Biblioteka i Fonoteka Instytutu Muzykologii
• Biblioteka Instytutu Archeologii
• Biblioteka Instytutu Etnologii i Antropologii Kulturowej
• Biblioteka Instytutu Filozofii
• Biblioteka Instytutu Historii
• Biblioteka Instytutu Historii Sztuki
• Biblioteka Instytutu Judaistyki
• Biblioteka Instytutu Nauk Geologicznych
• Biblioteka Instytutu Pedagogiki
• Biblioteka Instytutu Psychologii
• Biblioteka Instytutu Religioznawstwa
• Biblioteka Instytutu Socjologii

Pozostałe jednostki:

• Biblioteka Archiwum UJ
• Biblioteka Muzeum UJ
• Biblioteka Nauk Przyrodniczych (jednostka międzywydziałowa)
• Biblioteka Obserwatorium Astronomicznego (stanowi całość z BWFAIS)
• Jagiellońskie Centrum Językowe
• Księgozbiór Centrum Badań Holokaustu
• Księgozbiór Centrum Języka i Kultury Chińskiej "Instytut Konfucjusza w Krakowie"
• Księgozbiór Instytutu Bliskiego i Dalekiego Wschodu
• Księgozbiór Kamedułów
• Ośrodek Dokumentacji i Badania Twórczości Josepha Conrada

• 1991 – Biblioteka Jagiellońska tworzy lokalną sieć internetową i rozpoczyna prace przygotowawcze do komputeryzacji.
• 1992 – Uniwersytet Jagielloński podpisuje kontrakt z firmą VTLS Inc. z Blacksburg, Virginia w USA.
• 1993 – Biblioteka Jagiellońska kupuje amerykański zintegrowany system biblioteczny Virginia Tech Library System VTLS, uzyskując środki finansowe z fundacji A.W. Mellona i KBN.
• 1994 – Biblioteka Jagiellońska rozpoczyna wprowadzanie danych do zintegrowanego systemu bibliotecznego VTLS, równocześnie udostępniając komputerowy katalog online, początkowo przez Telnet wyłącznie w Bibliotece Jagiellońskiej na 10 stanowiskach komputerowych.
  W tym samym roku współkatalogowanie rozpoczyna również Biblioteka Instytutu Informatyki UJ.
• 1995 – Opracowanie swoich zbiorów w Katalogu Komputerowym Zbiorów Bibliotek UJ rozpoczynają: Biblioteka Instytutu Fizyki oraz Biblioteka Instytutu Matematyki. W następnych latach do współpracy przy tworzeniu wspólnej bazy przystępują kolejne biblioteki UJ.
• 1998 – Korzystanie z katalogu komputerowego jest możliwe z każdego komputera z dostępem do Internetu, za pomocą przeglądarki internetowej. Wprowadzenie w Wypożyczalni Miejscowej modułu rejestracji wypożyczeń i zwrotów.
• 2002 – Opracowanie zbiorów odbywa się we współpracy z katalogiem centralnym polskich bibliotek naukowych i akademickich NUKAT.
• 2003 – Zostaje wprowadzona wersja systemu VTLS/VIRTUA.
• 2008 – Biblioteka Jagiellońska zaprzestaje uzupełniać kartkowy Katalog dla Publiczności druków zwartych i seryjnych. Katalog online staje się jedynym źródłem informacji o drukach, które wpłynęły do Biblioteki po 2007 roku.
• 2019 – Zakończono współtworzenie katalogu centralnego polskich bibliotek naukowych i akademickich NUKAT; rozwiązano współpracę z centrum NUKAT.
• 07.2019 – Zakończono korzystanie z systemu bibliotecznego Virtua.
• 08.2019 – Następuje implementacja i uruchomienie zintegrowanego systemu zarządzania zasobami ALMA oraz wyszukiwarki PRIMO.
• 09.2019 – Rozpoczęto współkatalogowanie z Biblioteką Narodową (w celu budowy ogólnopolskiej sieci bibliotecznej na ujednoliconych zasadach).

Rekordy bibliograficzne, rekordy haseł wzorcowych, rekordy egzemplarza, rekordy zasobu rejestrowane w Katalogu Bibliotek UJ (stan na 1 kwietnia 2019 r.)

• bibliograficzne:  1 589 128
• wzorcowe:  1 851 689
• egzemplarza:  3 887 369
• zasobu:  81 369
• czytelnika:  230 721